自然人申报管理系统上申报的工资如果和工资表不一致的，企业需要先查询两项数据的来源，如果是个税系统申报的数据多于实际应申报的数据，则应该重新申报，对于多交的个税申请退税或者抵减，如果个税系统的数据少申报了，则应该补充申报。